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奇异的宗教
门巴人既崇信跳神送鬼的原始宗教，又信仰藏传佛教。门巴人认为，人的衣食住行，生与死，生产的丰欠和禽畜的兴衰都与鬼神有着密切的联系，众多的鬼神都在影响着他们的生产和生活，人们为寻求鬼的宽恕，神的赐福，而使自己祛危求安免灾受益。因而出现了人与鬼神之间的特殊使者巫师；“觉母”、“把奠”、“把寓”、“登龙坎”、“本波”……
原始宗教
门巴人认为天有天神，地有地神，山有山神，水有水神；青蛙、蛇类、昆虫、蚂蚁、奇树怪石也是神。神灵无所不在，所有病痛和灾祸都归结为鬼神对人的怪罪。巫师中的叠龙坎、把窝、本波是男巫，主要是送鬼；觉母、把莫是女巫，专事请神。
“登龙坎” “登”，即鬼，“龙坎”，送走之意，“登龙坎”即送鬼走的意思。后来习惯上把从事送鬼的巫师称为登龙坎。有人生病即请登龙坎杀牲送鬼除病。门巴人认为，人的病痛是鬼怪把病人的灵魂抓走了引起的。因此登龙坎在为病人送鬼时，要杀鸡或猪作祭。杀牲之前，要将禽畜给病人过目，表示是病人送的。祭祀时，将煮熟的肉、米饭、煎鸡蛋，用“邦穹”或芭蕉叶装好，连同手摇转经筒、佛珠、长刀、衣物……摆在村外面，登龙坎指着地上的食物说：“我们为你准备了这么多东西，供你享用，望你释放病人的灵魂。”边说边将事先捉到的一只蜘蛛包好放在病人耳后，表示被“鬼”掏去的病人的“魂”找回来了。
“把窝” 藏语意为“英雄”。头缠红布，面部挂串珠，斜披白布带。屋里摆神案，摆玉米面做的偶像，供大米、鸡蛋、酒和清水，法器为鼓。把窝击鼓，全身颤抖似疯癫病人，嘴里叨念道：“请坎主、松马、把窝和把莫诸神把病人的枷锁去掉，把他的灵魂放回来……”然后将烧红的石块投进开水锅中，用树枝蘸沸水酒在自己和病人身上，表示将病人身上的“鬼”驱走。
“苯教” 汉语称为苯教。除有一般巫师的本领外，还会念咒语。传说能置人于死地。苯波有咒经，如果他与人有隙，就设法弄到对方的一点毛发，塞进牛角里，再埋人土中，被咒的人据说就会“生疮流脓而亡”。作法时，苯波亲自动手杀鸡、猪或牛，把肉和心脏的各个部位取一点煮熟，放上佐料，端来米饭，送到有鬼的地方给鬼吃。然后祈求鬼不要让人生病了，吃了这些食物就离开这里。
“觉母” 自称是女神的化身，传说有九姐妹，还有母亲。作法时，双肩披红布，额前戴“冗浪”的圆形银饰物，屋中铺竹席，席上摆九个竹盒和九口小锅，盛满大米、养麦、生姜、香蕉、甘蔗、桃、野花……挂长刀、串珠、弓箭和格乌（藏族用的护身符）。请神时，觉母双手抹脸，全身颤抖，用拖长的声调唱道：“阿麦……拉所……拉所……’然后自问自答，有如梦呓，表示灵魂飞升，到神的境界去询问病因和治病的方法，在众神的帮助下找到了病人的灵魂，把灵魂“还”给病人。
“把莫” 藏语意为“女杰”，自称是坎主神的化身。有五姐妹，称为“坎主得安”，即五个坎主：多吉坎主、仁钦坎主、白玛坎主、勒客坎主和肯达坎主。传说他们是苯教主神滚独藏布的女儿，母亲叫仁艾杰姆。把莫作法时，襄红，白头布，戴扇形纸帽，屋里供食物和用具。五指分别拴红、黄、蓝、白、黑五彩线，分别代表一个坎主神。然后用火烧断，看线断处是否整齐，若有不整齐的就认为是坎主神发怒，而懊人生病的。为了冶好病人的病，把典手摇小鼓和铃铛，全身颤抖，在屋内转圈，请众坎主神“赶宴”，让病人恢复健康。
藏传佛教
门巴人原来信奉白教（指噶举派），他们迁入墨脱后便把白教带到了墨脱，后因墨脱受波密土王辖屑，门巴人被迫改奉红教宁玛派。相传为贡布喇嘛谷学干布传到墨脱，井建仁钦崩寺，1950年毁于墨脱大地震。到解放前夕，墨脱有寺庙35座。寺庙僧人中，根据社会地位、技能、宗教知识和尊卑分为：
直姑 即活佛，是死者灵魂皆升天堂享天福的意思。直姑是寺庙的最高领导者寺务，他们通晓经书。
帕久 仅次于直姑，通晓经书，宗教知识较丰富，主持寺庙的各种宗教仪式活动或分管某一方面的事务。其中，有主持法会的“多吉罗本”，有检查僧纪、收纳布施的“曲寸巴”，有专攻经书的“格隆”，有负责击钹的“翁则”，有负寅击蚊摇铃的“乌纠”、吹长号的“敦巴”、吹喇叭的·加另巴”、保管祭神供晶的“曲本”、寺庙门卫的“曲香巴”……。
涅巴 寺庙管家，掌管寺庙经济收支。
果聂 专门看管寺庙、背水、送信、打扫烃堂，擦洗法器，倒水供佛，还负责炊事、制酒、保管肉类和粮食
扎巴 普通僧人，在大型宗教活动中担任演员或吹打乐器，平时还要在寺庙土地上耕种、收割以及干庙内的一些杂活、学经文等。
寺庙僧人除直姑外，其余的大多数喇嘛则住在自己家中，参加劳动，娶妻生于，只是参加法会才到寺庙念经。
定期的念经活动有：
一月念嘎索经，祈祷万事如意；
二月念衣措经，为喇嘛念经供佛日
三月念嘎桑经，祈祷人们不患眼病
四月念觉莫经，防止息麻风病；以防眼瞎
七月念穷莫下巴经，祝愿家家吉样平安；
八月念坎主下巴经，向坎主神赎罪；
九月念那睡经，杀牲敬神，祈求全家不生病；
十月念朱和佯朱经，祈求生活美好；
十一月念朱巴经，祈求生活富裕；
十二月念古朵经，祈求来年丰收。
不定期的念经括动有：
达夺目经，祈求粮食丰收；
卡久经，祈求病人早日康复；
才久经，纪念古如仁狡钦神的生日；
干久经，祈求死后早升天堂。
此外，还有朵措经、贵荣经等。以上所念的经，大多是希望身体健康、万事如意、粮食丰收、生活富裕……这是门巴人的美好愿望，他们把实现这些美好的愿望寄托在神佛的保佑上。