自元代起，蒙古人开始进入西北藏区。13世纪中叶，随着“西域亲军”的东来，保安族人原来居住的青海同仁地区，始成为人们过往的交通要道。明万历年间(1573—1620年)，在同仁原隆务镇附近设置“保安站”，修建保安城。并设守备
自元代起，蒙古人开始进入西北藏区。13世纪中叶，随着“西域亲军”的东来，保安族人原来居住的青海同仁地区，始成为人们过往的交通要道。明万历年间(1573—1620年)，在同仁原隆务镇附近设置“保安站”，修建保安城。并设守备驻防，置都指挥管理同仁的十二族。
明末清初，保安地区已形成为一个多民族大杂居、各个民族小聚居的“四寨子”，即尕撒尔、年都乎、吴屯和保安。保安族人主要聚居在隆务河畔的保安城、下庄和尕撒尔，时称“保安三庄”，隶河州卫。当时的保安族社会有所发展，人口增加。
雍正七年(1729年)，因土千户王喇夫抗清，川陕总督岳钟琪调河州副将镇压，保安堡番兵被遣散，改设把总，属西宁镇统辖。乾隆二十七年(1762年)隶属循化营，由兰州府统辖。
咸丰、同治初年，由于保安城内清朝地方官员在保安与土、藏、汉等民族之间，利用水利灌溉的争抢，从中挑拨离间，加之当地隆务寺主及封建主的欺压，保安族被迫举族东迁。先是迁至青海循化居住三载，后又东迁到今甘肃积石山下大河家、刘集一带定居下来。尕撒尔人居大墩，保安城的妥加人居梅坡，下庄的保安人居甘河滩，尕马家的保安人最后定居高李村。他们迁到该地后，仍继续沿用原住地名称，称大墩、梅坡、甘河滩为“保安三庄”。从清末至民国，保安族地区处在地方军阀马安良、马步芳等的统治之下。1930年时行保甲制，该地区被划为两保，每保十甲。
新中国成立后，保安族发生了深刻变化。1981年，与东乡族、撒拉族在临夏回族自治州境内小积石山东麓成立积石保安族东乡族撒拉族自治县。